Im Bestand der städtischen Sammlung wurde auch ein Fundamentstein der ehemaligen Tübinger Synagoge gefunden. Der Stein gelangte 2005 über ein Missverständnis unrechtmäßig in den Besitz des Museums. Der rechtmäßige Eigentümer konnte ermittelt werden, der Fundamentstein wurde Anfang 2016 zurückgegeben.